超级“生命树”草图问世

中国林业网 http://www.forestry.gov.cn/2015年09月28日来源:参考消息
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囊括230万物种 追溯到35亿年前
超级“生命树”草图问世

    从鸭嘴兽到马勃菌,首张描绘包含230万种已命名的动物、植物、真菌和微生物的“生命树”草图问世了。
  生物会随时间推移衍生出不同分支。在11个机构的通力合作下,生命树描绘出生物间的关系,一直追溯到35亿年前地球上生命起源之时。
  多年来,人们已绘制出数以万计的选定分支的较小的生命树———有些包含多达10万个物种。不过,将这些成果融合成囊括所有地球生命的单棵树在人类历史上尚属首次。这样做的最终结果是形成一个所有人均可使用和编辑的免费网络资源库,很像是进化树的“维基百科”。
  主要调查员、杜克大学的卡伦克兰斯顿说:“这是人类第一次真正尝试将所有节点联系起来。你可以将它看作1.0版。”1.0版生命之树可在网上浏览和下载,网址为https://tree.opentreeoflife.org。
  美国《国家科学院学报》月刊9月18日刊登的一篇文章也对它进行了描述。
  进化树并非只是用来搞清鼹鼠和海牛谁与土豚的亲缘关系更近,或是确定黏菌的近亲是谁。认清地球上数百万物种之间的关系有助于科学家研制新药,提高农作物和牲畜产量,追踪艾滋病、埃博拉和流感等传染病的起源和传播过程。
  研究人员并非从零开始建起生命树的,他们将数以千计已发布在网上的较小“枝干”拼凑起来,融合成一棵包含所有已命名物种的巨大的“超级树”。
  生命树的初稿是根据之前发布的近500棵小型生命树绘制而成的。
  要将来源不同的树归入单棵超级树的枝丫中,最大的挑战之一便是弄清各物种的名称变化、别名、常见拼写错误和缩写。
  研究人员写道:“尽管这项任务艰巨庞杂,生命树草图只是我们迈出的第一步。”
  在已发布的生命树中,只有一小部分有数字版本。针对2000年至2012年100多个期刊上发表的7500多项生物种族发展史研究的调查显示,仅有1/6的研究人员将他们的数据以数字、可下载的形式存储起来,供其他研究者使用。
  绝大部分进化树以PDF和其他图像文件形式呈现,无法融入数据库或与其他进化树合并。
  克兰斯顿说:“科学家所掌握的生物关系知识和真正能获得的数字版本之间存在巨大差距。”
  因此,生命树某些部分描绘的关系与专家观点时有出入。这是因为,即便是网上最热门的原始基因序列档案———诸多进化树绘制的基础,其包含的DNA数据也不到地球上数以千万计的物种的DNA数据的5%。
  为填补空白,该团队还研发了一款软件,让研究人员能登录并更新、改写这棵生命树。