中南院作为国家林业和草原局直属事业单位，与国家林业和草原局中南森林资源监测中心、国家林业和草原局石漠化监测中心、国家林业和草原局森林城市监测评估中心、国家林业和草原局中南生态监测评估中心、国家林业和草原局中南林业碳汇计量监测中心、国家林业和草原局红树林监测评估中心实行一套人员、七块牌子的管理模式。主要工作范围是湖北、湖南、广东、广西、海南、贵州、西藏（石漠化监测区还包括江西、河南、重庆、四川、云南）等省（区、直辖市），主要职能是为区域内林草湿生态监测保护、石漠化综合监测提供技术服务，为国家林草事业宏观决策、编制全国林草中长远发展规划和制定年度计划提供科学可靠依据。同时，围绕林草中心和重点工作，积极支持服务地方林草生态建设。
中南院现有内设机构20个，其中管理处室8个，分别是办公室、党委办公室、人事处、纪检审计处、生产技术管理处(总工办)、科技处、财务处、行政后勤处；业务处室12个，分别是生态保护修复处、综合监测一处、综合监测二处、草原处、湿地处、荒漠化（石漠化）处、野生动植物处、自然保护地处、森林城市处、产业规划处、防灾减灾处、大数据中心。下设1个公司，为长沙中南林业调查规划设计有限公司。
近年来，中南院先后荣获了全国五一劳动奖状、全国模范职工之家、全国厂务公开民主管理先进单位、全国巾帼文明岗、国家林业和草原局优秀党组织、湖南省文明单位、湖南省直单位模范集体、湖南省级文明卫生单位、长沙市文明创建优秀驻区单位等50多项国家级、省部级、市级各类荣誉。同时，我院承担完成的以林草生态建设工程为主的各类项目，先后荣获了国家和省部级科技进步奖、全国优秀工程咨询成果奖、全国优秀测绘工程奖等国家级、省部级荣誉100多项。
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