为加强生态资源的科研监测与保护管理，重庆金佛山国家级自然保护区逐步建设生态系统、环境、气象、水文水资源、植被自然恢复样地等监测站点，构建全方位生态监测网络体系。
一是人工巡护网格化。组建一支40人的人工监测巡护队伍，划分监测巡护区域，将森林防火、违法违规建设、野生动植物管护一同部署，细化工作责任到5个片区，落实监测巡护责任，通过无人机巡逻和地面巡查，实施报送异常情况，建立每日巡护监测台账，形成了“边界明确，责任到人，横向到边，纵向到底”的网格化管理体系。
二是远程监控精细化。开展智慧保护区一期建设，完成标准化机房及远程指挥系统的建设，在保护区重要卡点、核心区域安装整合130余部野外远程视频监控，实现了24小时远程监控。同时，结合远程视频监控平台，试点电子树牌、电子语音杆、远程森林防火及病虫害预警，提升保护管理能力。
三是科研监测多样化。在辖区重点区域，配备200台高清红外线感应相机，进一步摸清野生动物种类、数量、分布、栖息地现状；围绕金佛山保护区复合型生态系统，设置气象监测3处、水文监测3处、次生林监测场2处，实时获取立体监测数据；积极开展珍稀濒危动植物黑叶猴、林麝、银杉等的专项野外调查，掌握野生动物的资源家底，为濒危物种恢复和制定相应的保护政策、出台保护措施提供了有力的支撑。
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